REJIK

Т.е. есть ли возможность запускать авто обновление бан - листов т.е. например я запустил по крону некий файл а он скачал на момент обновления свежие правила и включил их в основной список?

Да, пропишите скрипт FULL в крон.
Только убедитесь сначала, что он отрабатывает без ошибок из консоли и что в нем правильно прописан путь до сквида.