REJIK

Сабж.

Имеется прозрачный прокси (squid-2ю5) и на нем редиректор 3.0.0

Как только его включаю, он обрезает часть www.li.ru (все, что после флешового баннера), часть linux.ru (исправил банлист - вроде полегчало, раза со второго грузит все).

Может я что-то не то делаю?

Скорее всего браузер показывает часть данных из своего кеша.
Попробуйте почистить кеш браузера.
Если проблема останется, приведите конкретный пример, где и что обрезало не так, приложил логи редиректора.

Удивительно, но очистка кэша браузера помогла. Спасибо.